Delegatura Instytutu Pamięci Narodowej w Olsztynie rozpoczęła swą działalność w we wrześniu 2001 r., jako jednostka podporządkowana Oddziałowi Instytutu Pamięci Narodowej w Białymstoku. Pierwszym naczelnikiem Delegatury IPN w Olsztynie został prof. dr hab. Norbert Kasparek. Obecnie funkcję naczelnika pełni dr hab. Karol Sacewicz, prof. UWM.
Misją Delegatury Instytutu Pamięci Narodowej w Olsztynie jest badania, dokumentowanie i upowszechnianie najnowszej historii Polski, ze szczególnym uwzględnieniem dziejów Warmii i Mazur. W strukturze Delegatury działają referaty ds. edukacji narodowej, badań historycznych, upamiętniania walk i męczeństwa oraz wydział archiwalny i referat śledczy.
Delegatura organizuje konferencje, warsztaty, wystawy historyczne, konkursy, współpracuje z lokalnymi instytucjami, placówkami edukacyjnymi oraz organizacjami społecznymi.
Siedziba Delegatury IPN w Olsztynie znajduje się przy ul. Jagiellońskiej 46.